離島環保許可指南：澎湖金門連江三證整隊實務

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-03・更新 2026-09-03（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

澎湖、金門、連江的事業要開工，水污染防治許可、固定污染源許可與事業廢棄物清理計畫書三張證同樣一張都不能少，但窗口科室、防制區等級、島內處理量能都與本島不同。本文把三縣的在地版本整隊說清楚。

跨過一道海峽，法規沒有變，辦證的現場條件卻變了。

澎湖、金門、連江的事業一樣受《水污染防治法》、《空氣污染防制法》與《廢棄物清理法》規範，但受理機關名稱、科室分工、防制區等級與島內廢棄物處理量能都和本島不同，照本島經驗辦，常在最後一關卡住。

這篇文章把三縣的在地版本整隊：

• 三個環保機關各叫什麼名字、哪一科收水污、空污、廢棄物案件；
• 環境部劃定的防制區等級對新設固定源意味著什麼；
• 島上掩埋場與代處理辦法收什麼、不收什麼；
• 以及線上系統與在地流程圖怎麼搭配使用，讓三張證一次備齊。

偉騰開發興業由前臺東縣環保局長帶隊，團隊在審查端待過，知道離島案件最常被退件的原因不是技術，而是流程與量能沒有先確認。我們全台各縣市受理，離島案件同樣提供免費書面初判，先幫你判斷這三張證哪幾張非辦不可，再決定申辦順序。

先分流：你的離島事業碰到哪幾張證

離島事業先對三條線自我分流。第一線是水：只要事業排放廢水到地面水體，就落入《水污染防治法》第14條，須向地方主管機關取得排放許可證或簡易排放許可文件才能排放。

第二線是空：

• 被環境部指定公告的固定污染源，依《空氣污染防制法》第24條要先取得設置許可證、再取得操作許可證才能運轉；
• 餐飲油煙一般不辦許可證，但受《空氣污染防制法》第32條的異味行為管制，達一定規模者另有防制設施規範。

第三線是廢棄物：指定公告一定規模的事業，依《廢棄物清理法》第31條要先送事業廢棄物清理計畫書核准才能營運。酒廠、電廠與海淡廠、營建工程、餐飲住宿業，是三縣最常同時碰到兩線以上的類型。

在地事實對業者的意義：防制區、水體與納管環境

環境部現行防制區劃定表對三縣並不一致：

• 澎湖縣僅臭氧列三級防制區；
• 連江縣細懸浮微粒（PM2.5）與臭氧三級；
• 金門縣懸浮微粒（PM10）、PM2.5 與臭氧皆三級。

落在三級的項目，新增或變更達一定規模的固定源依《空氣污染防制法》第6條須採最佳可行控制技術，並以模式模擬證明不超過容許增量限值；裁罰準則也把位於三級防制區列為加重事項。

水的部分，澎湖與金門各有多座水庫劃為飲用水水源水質保護區，金門環保局更載明各湖庫皆屬優養化狀態，放流水審查只會從嚴。三縣都不在產業園區管理局的園區清單內，多數事業沒有工業區污水廠可納管，得自建處理設施、自設放流口。

程序怎麼走：誰送件、送什麼、到哪個機關

三張證都送地方主管機關：澎湖是澎湖縣政府環境保護局，金門是金門縣環境保護局，連江則叫連江縣環境資源局。水污案件依《水污染防治法》第13條，指定事業於設立或變更前先送水污染防治措施計畫審查，再依《水污染防治法》第14條申請排放許可證或簡易排放許可文件。

空污案件依《空氣污染防制法》第24條先檢具空氣污染防制計畫取得設置許可證，設置完成再申請操作許可證，防制計畫與證明文件依《空氣污染防制法》第26條須經環境工程技師或相關專業技師簽證。

廢清書依《廢棄物清理法》第31條送審核准後始得營運，產生或清理事項變更也要再送，之後依規定格式與頻率網路申報。

審查端在看什麼：放流口、容量與接手方

審查端看三件事能否對上。

水污案件看收集、處理單元與放流口是否完整登記，因為《水污染防治法》第18條之1要求廢水只能由核准登記的放流口排放、不得繞流或稀釋；島上沒有工業區污水廠可納管時，處理設施容量與承受水體就是審查核心。

空污案件看防制設施最大處理容量是否涵蓋最大操作量（《空氣污染防制法》第23條），落在三級防制區的項目再看最佳可行控制技術與模式模擬結果。

廢清書審查最在地的一點是清除處理方式是否真有接手方：澎湖公告的清除處理機構名冊全是清除許可、沒有處理機構，連江代處理辦法只收能與一般廢棄物合併處理者，計畫書若寫了委託處理卻指不出合法處理端，就會被退回補正。

在地窗口與線上申辦：三縣科室與系統怎麼搭

澎湖縣政府環境保護局的水污與空污固定源案件在公害防治科，事業廢棄物在環境管理科，清除處理機構證照在廢棄物規劃科，總機 06-9221778，官網備有各項申辦作業流程圖。金門縣環境保護局分空氣保護科、水質保護科與廢棄物管理科，總機 082-336823，業務申辦流程頁有工廠應取得環保許可文件自我檢核表。

連江縣環境資源局的環境管理科掌工廠登記之環保許可與事業廢棄物清除處理許可，污染防治科掌稽查處分與空污申報收費，資源管理科掌用戶排水審查，電話 0836-26517。線上申辦以環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS）為全國入口；三縣網頁未另載 EMS 操作說明，送件前先電洽承辦確認收件方式。

失敗代價與跨程序連動：停工、連帶責任與工廠登記

缺一張證，代價不只是罰鍰。

依《水污染防治法》第45條，未取得排放許可即排放，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，主管機關並應令全部停工或停業；依《空氣污染防制法》第63條，未取得許可證逕行設置、變更或操作，工商廠場處十萬元以上二千萬元以下罰鍰並令停工。

廢棄物端依《廢棄物清理法》第52條，一般事業廢棄物違規處六千元以上三百萬元以下罰鍰；《廢棄物清理法》第30條的連帶清理責任更重，受託業者若棄置，委託事業一起扛。

跨程序上，金門環保局將工廠應取得環保許可文件檢核表列於工廠申請事項，連江縣環境資源局環境管理科直接掌管工廠登記之環保許可，工廠登記與環保許可是一起看的，一張卡住，開工時程整個往後推。

拿到證之後：展延、變更與季申報的時鐘

拿到證之後最常出事的是時間管理。水污排放許可證與簡易排放許可文件依《水污染防治法》第15條效期五年，展延須在期滿前六個月至前一個月之間提出，每次展延不超過五年。空污設置、操作與燃料使用許可證依《空氣污染防制法》第30條效期同為五年，展延須於屆滿前三個月至六個月內申請，屆滿前未申請者許可證失效，只能重新申請。

排放量依《空氣污染防制法》第21條每年一月、四月、七月及十月底前申報前一季，空污費依收費辦法同一節奏先繳前季費額再申報，連江縣環境資源局官網就設有固定污染源空污費線上申報頁。廢清書的變更事項依《廢棄物清理法》第31條同樣須再送審，三張證各有時鐘，沒人專責盯著，最常見的結局就是展延過期。

自我檢查清單

• 開工前先確認三縣主管機關全名：澎湖縣政府環境保護局、金門縣環境保護局、連江縣環境資源局，申請書抬頭寫錯會被退。
• 對照環境部現行防制區劃定表，確認你的污染物項目在該縣是否列三級，三級就要準備最佳可行控制技術與模式模擬。
• 排放廢水前確認有沒有下水道或工業區污水廠可納管；三縣多半沒有，處理設施容量與放流口要一起設計。
• 廢清書送件前先拿到受託清除機構與處理端的許可文件，並確認處理端能收離島運出的廢棄物種類。
• 空污設置許可證要在動工前取得，操作許可證要在運轉前取得，防制計畫與證明文件都要技師簽證。
• 三張證的展延時鐘各自不同：水污期滿前六個月至一個月、空污屆滿前三至六個月，排進年度行事曆。
• 留意在地執法方向：金門已建餐飲業異味污染源資料庫並預告料羅港區空氣品質維護區，連江與雲林合辦柴油車排煙檢測。

常見錯誤

• 把連江縣環境資源局寫成環保局、公文寄到錯的科室——收件延誤，補正期限照樣起算，整體時程往後推。
• 照本島習慣以為有工業區污水廠可納管，設計時不留自建處理設施空間——水污染防治措施計畫被要求重擬，設備與土建全部改圖。
• 廢清書寫委託清除，卻只找到島上清除業者、沒有合法處理端——審查退回補正，開工日延後，業者若棄置還要依《廢棄物清理法》第30條連帶負責。
• 三級防制區項目的新設固定源少做模式模擬——設置許可證卡在補正，補正次數用完就得重新送件。
• 等許可證快到期才想到展延——空污許可證屆滿前未申請即失效，只能重新申請，重新取得前運轉就是無證操作。
• 以為離島稽查少就不設專責人員——《水污染防治法》第21條與《空氣污染防制法》第34條都要求指定對象設置專責單位或人員，缺了就是按次處罰的項目。

官方參考資料

• 澎湖縣政府環境保護局 申辦業務作業流程
• 金門縣環境保護局 業務申辦流程
• 連江縣環境資源局 固定污染源空污費線上申報

常見問題

澎湖 開工廠 環保許可 要先辦哪一張

先看有沒有廢水排放與被指定公告的固定污染源。

有指定固定源就先辦《空氣污染防制法》第24條的設置許可證，這張沒下來不能動工；廢水排到地面水體就要依《水污染防治法》第14條取得排放許可，指定事業還得先送水污染防治措施計畫；屬一定規模的事業則要先送廢清書核准。

三張證在澎湖都送澎湖縣政府環境保護局。

金門 事業廢棄物 一定要運回臺灣本島嗎

法規沒有明文要求跨海運送，但島上量能有限。金門環保局設置的是一般廢棄物轉運或處理設施，代清除處理以縣內產生者為限，而依《廢棄物清理法》第28條，一般廢棄物設施不得合併清除處理有害事業廢棄物。所以一般事業廢棄物可洽環保局代清除處理，有害或島上無法處理的種類，就要委託有許可的清除機構送到合法處理端，接手方要在廢清書寫清楚。

馬祖 空污費 幾月申報 要去哪裡辦

連江縣的固定污染源空污費走環境部的網路申報系統，每年四月、七月、十月及次年一月底前申報並繳納前一季費用，排放量申報依《空氣污染防制法》第21條是每年一月、四月、七月及十月底前。連江縣環境資源局官網有固定污染源空污費線上申報頁，營建工程空污費另有申報流程說明，承辦在污染防治科，逾期會有滯納金並可能被逕行核定追溯。

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