離島農用證明與農地違規查處：澎湖、金門、連江程序地圖

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-04・更新 2026-09-04（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

離島農地要辦農用證明，法定受理機關是縣政府：澎湖走農漁局農牧科，金門走產業發展處農林科，連江也在產業發展處。證明書效期只有六個月、實地勘查以一次為限，現場一有水泥、砂石或廢棄物就整筆不得認定。

離島農地辦農用證明，先記三件事：法定受理機關是縣政府、實地勘查只有一次、證明書效期只有六個月。澎湖歸縣政府農漁局農牧科，金門歸產業發展處農林科，連江歸產業發展處；三縣都查不到縣自訂的申請作業規定，程序全部依中央《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》走。

農用證明不是萬用文件。《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第3條只列兩種申請事由：移轉不課徵土地增值稅，與免徵遺產稅、贈與稅或田賦；農保不在其中，農舍雖在澎湖官網農舍問答被列為附件，法源另有一套。「長雜草就退件」也是誤解，雜草不在不得認定的列舉事由中。

本文依離島三縣的實際窗口拆成七段：分流判斷、文件與勘查、審查小組分工、三縣窗口差異、申請與檢舉動線、恢復農用路徑、稅務連動。偉騰開發興業由前臺東縣環保局長領軍，熟悉農業、地政、建管、環保四個單位在會勘現場的提問順序，能在送件前把會被退的點先補齊。

先分流：三個問題決定這筆地能不能拿證明

1. 第一個問題是地目。《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第2條把耕地、區域計畫各分區內的林業、養殖、水利等用地、都市計畫農業區與保護區土地、國家公園內經認定土地全部納入，都市土地不是障礙。
2. 第二個問題是用途：只有移轉不課徵土地增值稅，以及繼承或贈與免徵遺產稅、贈與稅或田賦兩條路，其他需求要另找法源。
3. 第三個問題是現場：土地本體要實際作農作、森林、養殖、畜牧或保育使用，休耕、休養、停養或不可抗力視同農用；地上有水泥、柏油、砂石、廢棄物或阻斷排灌水，任一項成立就整筆不得認定，不是扣掉那一塊繼續核發。

申請流程：一個月內謄本、一次勘查、六個月效期

送件對象是土地所在地的縣政府農業窗口。《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第15條雖允許縣政府把權限委辦鄉鎮市公所，離島三縣的農用證明窗口目前都直接設在縣政府農業單位。

文件依《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第7條：最近一個月內的土地登記謄本與地籍圖謄本、身分證或戶口名簿影本、目的事業主管機關許可文件；都市土地加使用分區證明，國家公園範圍加管理機關證明。

受理後縣政府實地勘查一次為限，申請人到場指界，界址不明先向地政機關鑑界；申請人非所有權人時會通知所有權人到場。規費第一筆五百元、每增一筆三百元；證明書效期六個月，逾期失效。

審查小組五個單位各看一件事：現場過不過的關鍵

《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第9條讓縣政府組審查小組：農業單位認定現場是否作農業用途，地政看分區編定與謄本，都市計畫或國家公園單位看分區管制，建設或工務單位看農舍與建物是否合法，環保單位看有無污染。

建設單位最常卡件：地上有農業設施，要交容許使用同意書加建築執照，依法免建照者只附容許使用同意書，或改附從來使用證明；有農舍就交農舍建築執照。設施或農舍超過核准面積、未依核定用途，或現場有廢棄物、水泥、砂石、阻斷排灌水，整筆不得認定。能扣除的例外只有六類，如編定前既存合法房屋、十平方公尺以下的土地公廟，與共有地他人違規而自己那份未違規並附分管文件。

三縣窗口差異：澎湖農漁局、金門與連江產業發展處

澎湖的農用證明由縣政府農漁局農牧科「農地利用」業務承辦，同一業務線同時管認定核發、不課徵稅賦管理與配合各目的事業會勘，等於申請、列管、會勘一條線；澎湖縣主管法規農漁類查不到縣自訂作業規定，完全依中央辦法。

金門窗口是產業發展處農林科，網路上常見的「建設處農林科」是舊名；金門另有「金門縣農業用地依農業發展條例第三十九條申請賦稅減免優惠案件定期檢查（抽查）作業要點」與「金門縣農舍及其農業用地稽查要點」，拿到證明後被抽查是制度化的。

連江窗口是產業發展處，依科名屬農林科，官網查不到作業規定與表單，送件前務必先電話確認；山隴蔬菜公園另受縣自治條例管制。

在地申請動線與檢舉管道：電話、線上申辦、1999

澎湖：

打 06-9262620 轉 270 找農漁局農牧科農地利用承辦，週一至週五 08:00 到 17:30，也可走澎湖縣政府線上申辦服務系統；檢舉農地違規撥 1999 縣民專線，外縣市撥 (06)927-4400 按 0。

金門：

打 082-321254 找產業發展處農林科（三樓），線上申辦走網路E櫃台，農用證明申請書官網未單列，先電洽索取；檢舉撥 1999，外縣市 0800-318823。

連江：

打 0836-22926 找產業發展處，檢舉可撥縣府總機 0836-25131。

三縣受理層級都在縣政府，先電話確認再送件，省一趟往返。

被查處後怎麼恢復農用：填土、堆置、設施三條路

查處來源有兩種：檢舉，以及《農業發展條例施行細則》第15條的建檔列管。縣政府對核發過農用證明的案件要建檔，會同地政、稅捐等機關定期檢查或抽查，查到未農用就列冊專案管理並限期恢復。

恢復路徑看違規型態：堆置砂石、廢棄物、鋪水泥或柏油，要清到現場不再有障礙物；回填土質依《農業發展條例施行細則》第2條之1必須是適合種植的土壤，金門可先走農林科「客土改良申請」並簽「金門縣辦理農業用地改良切結書」。

設施超建或未依核定用途，補辦容許使用或拆除回復。廢耕地在澎湖可對接「澎湖縣政府農地活化補助作業及管考規定要點」與復耕計畫。恢復後再申請證明，勘查仍只有一次機會。

稅務連動：不課徵變課徵、免稅變追繳的觸發點

農用證明的價值全在稅。移轉給自然人申請不課徵土地增值稅，依《農業發展條例》第37條，承受人持有期間若被查獲未作農業使用且未在所令期限內恢復，或恢復後再犯，再移轉時課徵。

繼承或贈與給繼承人免徵遺產稅、贈與稅，依《農業發展條例》第38條有五年列管：承受之日起五年內未繼續農用且未依限恢復，或恢復後再犯，追繳應納稅賦，承受人死亡、土地被徵收、依法變更為非農業用地三種例外。

《遺產及贈與稅法》第17條與第20條規定相同。申報時依《農業發展條例》第39條檢具證明書向稅捐稽徵機關辦理，證明書六個月效期要對得上申報時點。不服追繳，救濟走陳述意見與訴願，實際結果依事實與證據而定。

自我檢查清單

• 確認這筆地落在《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第2條五款範圍，都市計畫農業區、保護區也算。
• 講清楚用途：是移轉不課徵土地增值稅，還是繼承或贈與免徵遺產稅、贈與稅，農保與農舍不是本證明書的法定事由。
• 謄本日期在一個月內，地上設施備妥容許使用同意書與建築執照或從來使用證明，農舍備妥建築執照。
• 勘查前巡一遍現場：水泥、柏油、砂石、廢棄物、阻斷排灌水五樣都清掉，界址有疑先向地政機關鑑界。
• 找對窗口：澎湖打農漁局農牧科農地利用分機 270，金門打產業發展處農林科 082-321254，連江打產業發展處 0836-22926。
• 算好時點：證明書六個月效期要涵蓋申報土地移轉現值或遺產稅、贈與稅申報日。
• 金門案件記得核發後會依「金門縣農業用地依農業發展條例第三十九條申請賦稅減免優惠案件定期檢查（抽查）作業要點」被抽查，五年列管期內持續農用。

常見錯誤

• 以為把水泥地那一塊扣掉就能核發——依《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》第5條是整筆不得認定，可扣除的只有該辦法列舉的六類例外。
• 有固定基礎的鐵皮倉庫只拿容許使用同意書就送件——建設單位會要建築執照，依《農業發展條例》第8條之1免建照僅限四十五平方公尺以下且一層樓，缺件就過不了認定。
• 勘查當天沒到場也沒指界——勘查以一次為限，界址不清會被要求鑑界，重來就是重新申請、重繳規費。
• 拿到證明後把地租給人堆料——五年列管期內被查獲又沒依限恢復，繼承或受贈免掉的遺產稅、贈與稅會被追繳。
• 金門案件還寫「建設處農林科」寄件——現行窗口是產業發展處農林科，寄錯單位等於白跑，時效自己吸收。
• 把六個月效期當一年用——逾期失效，稅捐機關不收，重辦要再排一次勘查。

官方參考資料

• 農業用地作農業使用認定及核發證明辦法（全國法規資料庫）
• 農業發展條例（全國法規資料庫）
• 金門縣農業用地依農業發展條例第三十九條申請賦稅減免優惠案件定期檢查（抽查）作業要點

常見問題

澎湖 農用證明 去哪裡辦 要多久

向澎湖縣政府農漁局農牧科「農地利用」承辦申請，電話 06-9262620 轉 270，或用澎湖縣政府線上申辦服務系統送件；受理層級是縣政府，不是鄉市公所。要多久沒有法定天數，《農業用地作農業使用認定及核發證明辦法》只規定受理後實地勘查一次；實務上時間多花在排會勘與補件，謄本一個月內、現場先清乾淨最省時。

金門 農地 被檢舉堆廢棄物 會怎樣 怎麼恢復

金門的農地違規查處歸產業發展處農林科，另有「金門縣農業用地依農業發展條例第三十九條申請賦稅減免優惠案件定期檢查（抽查）作業要點」，拿過農用證明的地會被抽查。查到堆置廢棄物先限期恢復，回填只能用適合種植的土壤，可走農林科「客土改良申請」並簽改良切結書。沒依限恢復，繼承或受贈免掉的稅會被追繳。

馬祖 農地 蓋鐵皮 要申請嗎 農用證明 會不會被駁回

連江的農用證明與農業設施都歸縣政府產業發展處，官網查不到表單，先打 0836-22926 問承辦。有固定基礎的鐵皮設施要先申請容許使用再申請建照，依《農業發展條例》第8條之1只有四十五平方公尺以下且一層樓才免建照；拿不出容許使用同意書的設施，農用證明審查就過不了認定。山隴蔬菜公園內新設設施還須依縣自治條例事先報准。

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