澎湖金門馬祖畜牧場登記與養殖漁業登記證申辦指南
離島三縣的畜牧與養殖各有一套縣規，和中央《畜牧法》《漁業法》疊在一起。澎湖：「澎湖縣豬隻飼養管制自治條例」推行全縣養豬離牧，禁止新設養豬畜牧場或新辦飼養登記，既有養豬戶不得擴大或移轉；養羊管制辦法已於民國 113 年 2 月 29 日廢止；畜牧登記由農漁局農牧科畜產推廣受理（06-9262620 轉 264），養殖登記由漁業輔導科養殖漁業輔導受理（轉 136），訂有「澎湖縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」與「區劃及定置漁業權執照審查核發作業要點」，七美九孔、箱網與牡蠣是主力。金門：「金門縣新設置畜牧場管理自治條例」（民國 115 年 5 月 11 日修正）把新設畜牧場的距離、綠帶、圍牆、糞尿資源化比率寫成九項條件並由公所層轉，畜牧與養殖登記都在產業發展處漁牧科（082-325099），另有「金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例」與「陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」，牛隻在養 4,068 頭（114 年 6 月）。連江：產業發展處漁牧科受理，縣規未查得，淡菜、佛手、花蛤是特產。本文把中央規模門檻、四要件、程序與三縣的縣規、窗口一次講清。
中央的門檻先算。《畜牧法》（民國 99 年 11 月 24 日修正）第4條規定飼養家畜、家禽達中央主管機關指定規模者應申請畜牧場登記，同一種類使用共同水表、電表、排水口或在同一圍籬（牆）內者合併計算；農業部「公告應申請畜牧場登記之家畜家禽飼養規模」（民國 104 年 4 月 28 日修正）的門檻是牛 40 頭、馬 20 頭、鹿 40 頭、羊 100 頭、豬 20 頭、兔 400 隻以上，家禽 500 隻以上，二種以上依比例換算合計。第5條四要件：負責人或主要管理人員資格三擇一（畜牧、獸醫或畜牧獸醫科系畢業；政府辦理或委辦的畜牧專業訓練一個月以上並持結業證明；二年以上現場工作經驗並經鄉（鎮、市、區）公所證明）；土地依法可供畜牧設施使用且畜牧設施用地不超過畜牧場土地總面積 80%，有建築物者領有建築執照；設置畜禽廢污處理設備並符合法令標準（取得環保主管機關同意由代處理業者處理的證明，或有足夠土地還原廢污經環保主管機關認可者得免設）；主要畜牧設施符合「畜牧場主要設施設置標準」（民國 110 年 12 月 30 日修正，附表一至三，家禽場須非開放式禽舍）。第6條程序：檢附經環保主管機關審查核准的污染防治措施計畫向縣府申請，取得畜牧設施容許使用後一年內建場，完成後三個月內報請勘查，縣府一個月內會同環保主管機關勘查合格後核發登記證書並副知農業部與中央環保主管機關。
離島的縣規把中央門檻再往下收。澎湖「澎湖縣豬隻飼養管制自治條例」（民國 96 年 12 月 19 日公布、107 年 2 月 9 日修正）第 1 條為「推行本縣養豬全面離牧」，第 2 條全縣禁止新設養豬畜牧場或新辦飼養登記，既有養豬戶不得擴大飼養規模或移轉他人，第 4 條離牧補償以整場退出為原則，第 6 條未離牧者應設置廢污處理設備，第 7 條違反者視情節依廢棄物清理法、水污染防治法及空氣污染防制法等處罰；「澎湖縣養羊管制辦法」法規頁附「1130229 廢止總說明」，應已於民國 113 年 2 月 29 日廢止，原辦法曾將都市計畫實施區域、鄉市公所所在地、名勝古蹟、風景區及機場、港口等重要軍事設施附近列為禁止養羊區域，引用時須註明已廢止。金門「金門縣新設置畜牧場管理自治條例」（民國 113 年 10 月 7 日公布、115 年 5 月 11 日修正）第 4 條讓產量達中央年度目標八成時公告暫停受理新設一年，第 5 條列新設九項條件，第 6 條規定申請書送土地所在鄉（鎮）公所層轉縣府，第 7 條核准後一年內建場、完成後三個月內送件、縣府一個月內會同環保局勘查合格核發登記證書，第 8 條原場擴建以一倍為限，第 9 條以詐欺不正方法申請、逾期未建場、未依限送件者得撤銷或廢止設施容許使用同意及登記設置許可。連江縣法規「產發類」35 筆無畜牧自治條例。
本文依畜牧的規模與四要件、容許與污染防治、勘查與登記證、變更與歇停業、罰則，再接三縣的畜牧縣規與窗口，然後講養殖漁業登記證的中央法源與澎湖、金門的陸上魚塭規則、牡蠣與漁業權、連江漁牧科，最後排三縣的機關動線。偉騰開發興業由前臺東縣環境保護局局長領軍，處理離島畜牧案時先問三件事：養什麼（澎湖不能新設養豬）、養幾頭（有沒有到公告門檻）、地在哪（金門的距離條件與水源保護區），再排環保、容許、建照與登記的順序，文件傳 LINE 即可免費書面初判。
中央門檻與四要件：規模公告、合併計算、負責人資格、土地 80%、廢污處理、設置標準，離島常見的羊與家禽
門檻是牛四十頭、馬二十頭、鹿四十頭、羊一百頭、豬二十頭、兔四百隻以上與家禽五百隻以上；雞、鴨、鵝、火雞沒有各別數字，家禽一律 500 隻。同一場所飼養二種以上者依比例換算合計，同一種類共用水表、電表、排水口或同一圍籬（牆）者合併計算。離島最常見的是羊與家禽：澎湖的羊在養羊管制辦法廢止後回到中央門檻，羊 100 頭以上要登記；金門畜產試驗所「業務介紹」寫牛隻年在養頭數 4,068 頭（114 年 6 月）、以往為地區最大外銷畜牧產業、目前轉型成立畜牧專區集中管理零散業者，另有優良乳牛百餘頭與「青草地」鮮乳、鹿隻 180 餘頭並輔導養鹿戶 7 戶成立養鹿產銷班，牛 40 頭與鹿 40 頭是金門最常踩的線。四要件依第5條：第一，負責人或主要管理人員三擇一資格，離島以「二年以上現場工作經驗並經公所證明」最常用；第二，土地應屬依法可供畜牧設施使用者，畜牧設施使用的土地面積不得超過畜牧場土地總面積 80%，有建築物者領有建築執照，施行細則第3條把分區編定前已合法作畜牧設施使用的土地也算可供使用；第三，設置畜禽廢污處理設備並符合法令標準，或取得環保主管機關同意由代處理業者處理的證明，或有足夠土地還原廢污經環保主管機關認可；第四，主要畜牧設施符合設置標準，附表一畜牧場主要設施表、附表二家畜與附表三家禽的興建基準表，第4條要求家禽畜牧場設非開放式禽舍，使外界禽鳥無法接觸禽舍內家禽且排遺無法掉入。容許使用依《申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法》第23條分養畜、養禽、孵化場（室）、青貯、禽畜糞尿資源化五類，配置圖比例尺不得小於 1/1200，第7條第1項第1款讓依畜牧法申請的畜牧設施不受農業設施總面積 40% 限制；三縣的容許窗口是澎湖農牧科、金門與連江農林科。
第6條程序與文件：污染防治措施計畫、容許後一年建場、三個月報勘、一個月會同環保勘查、施行細則第4條文件各二份、登記證六項
順序是：填具申請書、檢附經環保主管機關審查核准的污染防治措施計畫向縣府申請登記；取得畜牧設施容許使用後於一年內完成建場（有正當理由得申請延長）；建場完成後三個月內報請勘查；縣府於收件後一個月內會同環保主管機關勘查，合格者核發畜牧場登記證書並副知農業部及中央環保主管機關。文件依《畜牧法施行細則》第4條各二份：負責人及主要管理人員身分證明與第5條第1款資格證明；土地登記謄本、地籍圖謄本，位於都市計畫區者加附土地分區使用證明；經營計畫書；位置圖及配置圖；主要畜牧設施說明書；依環境保護法規應送環保主管機關審查核准的污染防治措施計畫（經環保機關認定無須提出者免附）。土地非申請人所有者另附土地所有權人或私有土地管理者的使用同意書或公有土地管理機關的使用證明；共有土地須有共有人過半數及其應有部分合計過半數，或應有部分合計逾三分之二的使用同意書，金門自治條例第 6 條對共有土地的同意門檻文字相同。建場完成報請勘查時依施行細則第5條附登記申請核准文件影本，場內屬密閉式鋼筋混凝土及磚牆構造的畜禽舍、管理室、飼料調配室、畜禽產品處理室等設施的建築執照影本，依法免申請建築執照者改附核准容許使用證明。第7條規定登記證書載明場名、負責人及主要管理人員、場址、場地面積、主要畜牧設施、飼養家畜家禽種類及規模六項；施行細則第7條規定分場飼養規模達門檻者應另行登記；施行細則全文沒有登記證有效期限與距離規定，距離規定在離島出現在金門的自治條例。金門的申請路徑多一站：自治條例第 6 條規定新設置畜牧場申請書送土地所在鄉（鎮）公所層轉縣府核辦，第 7 條的一年建場、三個月送件、一個月會同環保局勘查與中央一致。
金門的九項新設條件：距離、場數、綠帶與圍牆、水源保護區、糞尿資源化 15%、暫停受理與擴建一倍、撤銷廢止
「金門縣新設置畜牧場管理自治條例」第 5 條把新設條件寫成九項：負責人資格；設施用地不超過場區總面積八成；廢污處理設備；距離住宅（含農舍）周界 300 公尺以上；距社區、商店、廠房、機關、廟宇、名勝古蹟、社福設施周界 400 公尺以上；距學校、醫院 1,000 公尺以上；申請地號周界 500 公尺內含本案不得超過三場；周界隔離綠帶至少 1.5 公尺寬與實質圍牆至少 1 公尺高；不得位於自來水水質水量保護區及飲用水水源水質保護區；養豬、養牛場的糞尿資源化比率達總廢水產生量 15% 以上。金門本島面積約 153 平方公里、東西向長約 20 公里、最窄處約 3 公里，300 公尺、400 公尺、1,000 公尺三個距離加上 500 公尺內不超過三場，實際可選的地點很少，選址前先在地籍圖上畫圓。第 4 條規定產量達中央年度目標八成時得公告暫停受理新設一年，與《畜牧法》第23條的產銷調節暫停受理（以一年為限、必要時延長、公告前已取得容許者不受限）並行；第 8 條規定原場擴建以一倍為限；第 9 條規定以詐欺或不正方法申請、逾期未建場、未依限送件者得撤銷或廢止設施容許使用同意及畜牧場登記設置許可，條例本身沒有罰鍰，處分對象是申請人。金門的畜牧配套還有：漁牧科職掌「補助畜牧業者再利用酒糟」「屠宰場的興建管理」，畜產試驗所公告「肉牛畜牧場現代化生產管理設備（牛隻保定架）補助作業要點」（115 年 7 月 6 日）與禽畜糞肥使用研討會（115 年 7 月 14 日至 15 日），縣規「金門縣牛隻屠宰場使用管理辦法」（民國 104 年 7 月 23 日）、「金門縣家禽屠宰處所登記管理辦法」（民國 99 年 7 月 13 日）、「金門縣政府補助淘汰種豬運往臺灣作業要點」（民國 115 年 1 月 27 日）、「金門縣豬隻施打環狀病毒感染症及豬黴漿菌性肺炎疫苗申請補助作業要點」（民國 114 年 4 月 2 日）；防疫面，產業發展處公告農業部自 115 年 8 月 25 日起至 8 月 31 日止金門地區豬肉及豬肉加工產品禁止輸往臺灣本島及其他離島等連續禁運公告，並公告本縣禁止搬運廚餘、動物性廢渣及畜禽屠宰下腳料至豬隻飼養場所（115 年 3 月 5 日）。窗口是產業發展處漁牧科（082-325099，產業發展處三樓），常見問答有「如何申辦畜牧場登記證」與「畜牧場如何申請畜牧用電證明」，申辦業務含「辦理畜牧場畜牧用電申請」「飼料販賣登記證及自製自用飼料戶登記證核發」。
澎湖的離牧與連江的空白：養豬禁新設、養羊辦法已廢止、農牧科畜產推廣、家禽屠宰處所登記、肉品市場；連江漁牧科與縣規未查得
澎湖的畜牧窗口是農漁局農牧科「畜產推廣」（06-9262620 轉 264），職掌「一般畜牧行政管理」「家畜禽推廣輔導」「飼料作物管理及抽驗」「肉品市場業務」；所屬機關有家畜疾病防治所。規則第一條是不能養豬：「澎湖縣豬隻飼養管制自治條例」第 2 條全縣禁止新設養豬畜牧場或新辦飼養登記，既有養豬戶不得擴大飼養規模或移轉他人，第 4 條離牧補償以整場退出為原則，第 6 條未離牧者應設置廢污處理設備，第 7 條違反者依廢棄物清理法、水污染防治法及空氣污染防制法等處罰，條例未自訂罰鍰、未明文授權命停止飼養；所以澎湖的畜牧場登記只剩牛、羊、鹿、兔、家禽，羊在「澎湖縣養羊管制辦法」廢止（民國 113 年 2 月 29 日）後回到中央門檻 100 頭，原辦法的禁止養羊區域（都市計畫實施區域、鄉市公所所在地、名勝古蹟、風景區及機場、港口等重要軍事設施附近）已無效力，但機場、港口周邊的土地使用管制與軍事管制仍要另查。家禽屠宰依「澎湖縣家禽屠宰處所登記管理辦法」（民國 106 年 10 月 18 日）登記，肉品市場依「澎湖縣肉品市場股份有限公司組織自治條例」運作並公告交易期程表（115 年 7 至 9 月）。澎湖的畜牧糞尿資源化推動頁未查得，廢污處理依《畜牧法》第5條第3款與環保主管機關核准的污染防治措施計畫辦理。連江的畜牧窗口依科名為產業發展處漁牧科（處電話 0836-22926），縣法規「產發類」35 筆沒有畜牧自治條例，相關縣規只有「連江縣獸醫診療機構設置標準」（民國 109 年 5 月 22 日）與「連江縣農業災害救助自治條例」（民國 107 年 11 月 23 日）；南竿鄉山隴蔬菜公園的自治條例第 11 條把飼養家禽家畜列為專區禁止行為，蔬菜公園範圍不能設畜牧設施。三縣共同適用的是第8條與第8條之1：登記事項變更於一個月內申請變更登記，擴大規模或變更場址、種類者準用第6條；歇業一個月內申請廢止並繳證，停業六個月以上一年以下備查，超過一年視同歇業，延長停業一次最長一年。罰則在第七章：第39條第1項對達規模未登記、廢污不符、擅自擴大規模等處新臺幣 3 萬元以上 15 萬元以下罰鍰並限期改善、屆期按次處罰，三次仍未改善者廢止登記；第41條對歇停業或變更未申請、規避檢查等處 1 萬元以上 5 萬元以下罰鍰；屠宰與供食安全的違規另有法律責任規定。全國法規資料庫查無名為「畜牧場登記規則」的法規，罰則章是第七章不是第六章。
養殖漁業登記證：漁業法第69條與縣規、澎湖陸上魚塭規則與區劃定置漁業權要點、金門牡蠣自治條例與魚塭規則、連江漁牧科
《漁業法》（民國 107 年 12 月 26 日修正）第69條第1項規定陸上魚塭養殖漁業的登記及管理規則由直轄市、縣（市）主管機關定之；第6條規定在公共水域或與公共水域相連的非公共水域經營漁業應經核准並取得漁業證照；第15條把漁業權分定置、區劃、專用三種。澎湖訂有「澎湖縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」（民國 92 年 6 月 27 日）與表單「陸上魚塭養殖漁業登記申請書」，窗口是農漁局漁業輔導科「養殖漁業輔導」（轉 136），職掌「養殖漁業登記證管理」「漁業權管理」；箱網等海面養殖的漁業權依「澎湖縣政府區劃及定置漁業權執照審查核發作業要點」（民國 111 年 6 月 27 日）審查核發，主要養殖是箱網、七美九孔與牡蠣，縣府另公告修正「澎湖縣水產動植物繁殖保育區位置及有關限制事宜」（2024 年 9 月 20 日），保育區內的限制要先查；補助有「澎湖縣政府養殖活化補助作業及管考規定」（民國 114 年 1 月 9 日）與「澎湖縣政府養殖技術輔導及種苗資材補助作業管考規定」（民國 115 年 6 月 2 日），所屬水產種苗繁殖場提供種苗。金門訂有「金門縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」（民國 91 年 11 月 27 日），窗口是產業發展處漁牧科「養殖漁業登記證申請」（082-325099）；潮間帶牡蠣另依「金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例」（民國 100 年 1 月 17 日）：第 3 條適用金門縣周邊海域潮間帶的石條式、平掛式牡蠣養殖，第 4 條由縣府劃定年度開放登記區域並公告，第 6 條登記結果於村（里）辦公處公告三十日，第 9 條登記證有效期限石條式十年、其餘五年，展延於期限屆滿前三個月內申請，第 10 條證照費新臺幣三百元，第 11 條無罰鍰、得撤銷或廢止登記證並拆除蚵石（架）。連江的養殖登記依科名由產業發展處漁牧科受理，表單未查得，相關縣規有「連江縣水產品證明標章之申請及使用管理辦法」（民國 109 年 5 月 4 日）與「連江縣漁港基本設施使用管理費收費類目及費率標準」（民國 115 年 2 月 26 日），特產淡菜、佛手、藤壺、花蛤的養殖區官方描述未查得。陸上養殖的用地先依容許辦法第21條申請水產養殖設施容許，第6條第1項第7款、第8款把養殖池無法取得合法用水、土資源需外運或屬採土坑洞列為不予同意，離島淡水稀少，合法用水是最常見的卡點。《漁業法》第七章沒有以「未登記經營陸上魚塭養殖」為要件的處罰條文，未登記的實際後果是拿不到養殖漁業登記證，進而無法辦放養申報、天然災害救助、低利融資與用水用電優惠，澎湖的養殖活化與種苗資材補助也以登記為前提。
三縣動線：農牧科或漁牧科、環保主管機關、建管單位、公所、漁業輔導科各管一段，六步排好
畜牧：澎湖送農漁局農牧科畜產推廣（轉 264），金門送產業發展處漁牧科（082-325099）並依自治條例第 6 條先送土地所在鄉（鎮）公所層轉，連江電洽產業發展處漁牧科（0836-22926）；環保主管機關審查核准污染防治措施計畫是第6條登記申請的前置文件；容許使用送澎湖農牧科農地利用、金門與連江農林科，配置圖 1/1200；密閉式鋼筋混凝土及磚牆構造的畜禽舍要建照，向各縣建管單位申請；負責人二年以上現場經驗的證明由公所出具。養殖：澎湖送漁業輔導科養殖漁業輔導（轉 136），海面箱網另依區劃及定置漁業權要點申請執照；金門陸上魚塭送漁牧科、潮間帶牡蠣依牡蠣自治條例在縣府公告的年度開放區域登記；連江電洽漁牧科。六步排好：第一，算規模是否達公告門檻並確認種類在該縣可養（澎湖不能新設養豬）；第二，選地——金門先在地籍圖上畫 300 公尺、400 公尺、1,000 公尺三個圓並確認 500 公尺內場數與水源保護區，三縣都確認土地可供畜牧或養殖設施使用、畜牧設施用地不超過 80%；第三，備污染防治措施計畫送環保主管機關審查核准；第四，申請容許並在一年內建場，需建照者向建管單位申請；第五，建場完成後三個月內報請勘查，縣府一個月內會同環保勘查後發證，金門的擴建以一倍為限；第六，登記後辦畜牧用電證明（金門漁牧科常見問答「畜牧場如何申請畜牧用電證明」），登記事項變更一個月內申報，歇停業依第8條之1。偉騰開發興業替離島畜牧與養殖案做的是把三縣不同的窗口與縣規對成一份清單，文件先傳 LINE 免費書面初判，需要現勘時再由配合團隊安排。
自我檢查清單
- 飼養種類與規模已對農業部公告門檻（牛 40、馬 20、鹿 40、羊 100、豬 20、兔 400、家禽 500）並合併計算；澎湖已確認不涉新設養豬或擴大既有養豬規模。
- 負責人或主要管理人員資格三擇一已備證明（科系畢業、一個月以上訓練結業、二年以上現場經驗經公所證明）。
- 土地依法可供畜牧設施使用、畜牧設施用地不超過總面積 80%；金門案件已在地籍圖確認距住宅 300 公尺、社區等 400 公尺、學校醫院 1,000 公尺、500 公尺內不超過三場、綠帶 1.5 公尺與圍牆 1 公尺、不在水源保護區、養豬養牛糞尿資源化 15%。
- 污染防治措施計畫已送環保主管機關審查核准；廢污自設處理設備或委託代處理證明已備。
- 畜牧設施容許已向澎湖農牧科或金門、連江農林科申請（配置圖 1/1200），容許後一年內建場、完成後三個月內報請勘查；金門申請書已送鄉（鎮）公所層轉。
- 登記文件各二份已備：身分與資格證明、謄本與地籍圖（都市計畫區加分區證明）、經營計畫書、位置圖與配置圖、主要畜牧設施說明書、污染防治措施計畫；非自有或共有土地已備使用同意書。
- 養殖案已向澎湖漁業輔導科（轉 136）或金門漁牧科（082-325099）確認陸上魚塭登記、海面漁業權執照或牡蠣年度開放登記區域；養殖池合法用水已確認。
常見錯誤
- 在澎湖規劃新設養豬場——「澎湖縣豬隻飼養管制自治條例」第 2 條全縣禁止新設養豬畜牧場或新辦飼養登記，既有養豬戶不得擴大或移轉。
- 引用澎湖養羊管制辦法的禁止區域——該辦法已於民國 113 年 2 月 29 日廢止，羊回到中央 100 頭門檻，引用時須註明已廢止。
- 金門選地只看農牧用地——自治條例第 5 條的 300 公尺、400 公尺、1,000 公尺距離、500 公尺內不超過三場與水源保護區排除，讓多數地號不合格，先畫圓再談。
- 金門直接送縣府——自治條例第 6 條規定新設置畜牧場申請書送土地所在鄉（鎮）公所層轉縣府核辦。
- 先建場再申請登記——《畜牧法》第6條要先過環保核准的污染防治措施計畫與容許，容許後一年內建場、三個月內報勘，反了就是第39條第1項第1款的未取得登記證書。
- 以為潮間帶牡蠣不用登記——金門牡蠣養殖登記管理自治條例要求在縣府公告的年度開放區域登記，石條式十年、其餘五年，未登記得拆除蚵石（架）。
官方參考資料
常見問題
金門 新設 畜牧場 條件 距離 多少 找誰 申請
依「金門縣新設置畜牧場管理自治條例」（民國 113 年 10 月 7 日公布、115 年 5 月 11 日修正）第 5 條，新設要符合九項：負責人資格；設施用地不超過場區總面積八成；廢污處理設備；距住宅（含農舍）周界 300 公尺以上；距社區、商店、廠房、機關、廟宇、名勝古蹟、社福設施周界 400 公尺以上；距學校、醫院 1,000 公尺以上；申請地號周界 500 公尺內含本案不得超過三場；周界隔離綠帶至少 1.5 公尺寬與實質圍牆至少 1 公尺高；不得位於自來水水質水量保護區及飲用水水源水質保護區；養豬、養牛場糞尿資源化比率達總廢水產生量 15% 以上。第 6 條規定申請書送土地所在鄉（鎮）公所層轉縣府核辦，共有土地須共有人過半且應有部分合計過半或應有部分合計逾三分之二同意；第 7 條核准後一年內建場、完成後三個月內送件、縣府一個月內會同環保局勘查合格核發登記證書；第 8 條原場擴建以一倍為限；第 4 條產量達中央年度目標八成時得公告暫停受理新設一年。窗口是產業發展處漁牧科（金城鎮民生路 60 號產業發展處三樓，082-325099），中央門檻依《畜牧法》第4條與農業部公告（牛 40 頭、羊 100 頭、豬 20 頭、家禽 500 隻等）。
澎湖 可以 養豬 嗎 養羊 養雞 幾頭 要登記 找誰
澎湖不能新設養豬：「澎湖縣豬隻飼養管制自治條例」（民國 96 年 12 月 19 日公布、107 年 2 月 9 日修正）第 1 條推行全縣養豬全面離牧，第 2 條全縣禁止新設養豬畜牧場或新辦飼養登記，既有養豬戶不得擴大飼養規模或移轉他人，第 6 條未離牧者應設置廢污處理設備，第 7 條違反者依廢棄物清理法、水污染防治法及空氣污染防制法等處罰。養羊在「澎湖縣養羊管制辦法」廢止（民國 113 年 2 月 29 日）後回到中央門檻：依《畜牧法》第4條與農業部公告，羊 100 頭、牛 40 頭、鹿 40 頭、兔 400 隻以上，家禽（雞、鴨、鵝、火雞）500 隻以上就要申請畜牧場登記，同一種類共用水電表、排水口或同一圍籬者合併計算。窗口是縣政府農漁局農牧科「畜產推廣」（馬公市新營路 477 號，06-9262620 轉 264），程序依第6條先過環保主管機關核准的污染防治措施計畫與畜牧設施容許（農牧科農地利用轉 270），容許後一年內建場、三個月內報勘、一個月內會同環保勘查後發證；家禽屠宰處所另依「澎湖縣家禽屠宰處所登記管理辦法」登記。達規模未登記依第39條第1項第1款處新臺幣 3 萬元以上 15 萬元以下罰鍰並限期改善。
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陸上魚塭養殖依《漁業法》第69條第1項由各縣自訂規則：澎湖有「澎湖縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」（民國 92 年 6 月 27 日）與登記申請書，窗口是農漁局漁業輔導科「養殖漁業輔導」（06-9262620 轉 136）；金門有「金門縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」（民國 91 年 11 月 27 日），窗口是產業發展處漁牧科「養殖漁業登記證申請」（082-325099）；連江由產業發展處漁牧科受理，表單未查得。海面養殖走漁業權：澎湖箱網與七美九孔的區劃、定置漁業權執照依「澎湖縣政府區劃及定置漁業權執照審查核發作業要點」（民國 111 年 6 月 27 日）審查核發，並要避開縣府公告的水產動植物繁殖保育區；金門潮間帶石條式、平掛式牡蠣依「金門縣牡蠣養殖登記管理自治條例」在縣府公告的年度開放區域登記，登記結果於村（里）辦公處公告三十日，石條式登記證十年、其餘五年，展延於屆滿前三個月內申請，證照費 300 元，未登記得撤銷廢止並拆除蚵石（架）。陸上養殖用地先依容許辦法第21條申請水產養殖設施容許，養殖池無法取得合法用水者依第6條不予同意。《漁業法》沒有以未登記陸上魚塭為要件的罰則，未登記的後果是拿不到登記證、辦不了放養申報、天然災害救助、低利融資、用水用電優惠與澎湖的養殖活化、種苗資材補助。
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