臺南水污染防治許可全流程：納管、放流、搭排怎麼分

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-03・更新 2026-09-03（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

臺南五大流域水質不佳、列管事業逾兩千家，水污許可審得細。本文以臺南市政府環境保護局的審查流程為骨架，拆解納管、自行放流與搭排灌排的分流，水措計畫到排放許可證的送件期限，定期檢測申報與水污費，以及無證排放的停工代價。

工廠要在臺南設廠或擴產，最常卡住的一張證往往不是建照，而是排放許可證。依《水污染防治法》第14條，事業排放廢（污）水於地面水體者，應先申請核發排放許可證或簡易排放許可文件，並依登記事項運作，始得排放；在臺南，這道關由臺南市政府環境保護局把守。

臺南的難處在於水體。環保局自述，境內急水溪、鹽水溪、二仁溪、曾文溪、八掌溪五大流域多受民生、事業及畜牧污染影響，水質情況不佳；列管事業與污水下水道系統共2,323家，其中畜牧業就有541家。水體越吃緊，審查端對每日最大量與承受水體同意文件就看得越緊。

偉騰開發興業由前臺東縣環保局長領軍，團隊曾長年站在主管機關的審查端與稽查端，熟悉核發機關為什麼退件、稽查員從哪裡開始看。這篇以臺南市政府環境保護局公開的審查流程與現行法規為底，把在地版水污全流程走一遍，讓您送件前就知道會被問什麼。

先分流：納管、自行放流、搭排灌排是三條不同的路

送件前先回答一個問題：廢水最後去哪裡。

1. 第一種是全量納入工業區或公共污水下水道系統，依《水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法》第5條只分設立與營運兩階段，營運階段憑聯接使用證明完成登記，且依《事業及污水下水道系統水污染防治費收費辦法》第22條免繳水污費。
2. 第二種是自設處理設施後排入地面水體，要走水措計畫、試車、功能測試到排放許可證的完整程序，並負擔定期檢測申報。
3. 第三種是排入灌排渠道或私有水體，還要取得渠道管理機關或所有人的同意文件；臺南環保局已公告，展延及變更審查時應檢附承受水體管理機關（構）或所有人同意文件影本。

選錯路，整套重做。

在地事實：五大流域、管制區與九處工業區系統對業者的意義

臺南環保局公開資料顯示，河川污染負荷中生活污水約占54.5%、畜牧廢水約占25.6%、事業廢水約占20.0%，事業廢水是許可與稽查最能著力的一塊。市府已公告運河、急水溪、將軍溪、鹽水溪等為水污染管制區，並公告二仁溪三條支流為主管機關指定之水體，放流口落在這些流域，審查對每日最大量與放流水質會更嚴。

臺南有九處工業區污水下水道系統，市府已公告委託工業區辦理查證權事項，納管廠商一樣會被查。另有曾文、烏山頭、南化、白河、鏡面五座水庫的飲用水水源水質保護區，若廠址同時落在自來水水質水量保護區內，放流水標準對氨氮、正磷酸鹽與硼另有較嚴限值。

程序怎麼走：水措計畫、試車、功能測試到領證

應先檢具水措計畫的事業，依《水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法》第5條分設立、營運前、營運三階段：設立階段先取得水措計畫核准才可建造；設施完工、排放前再申請排放許可證；領證後原核准文件失效。

臺南環保局的審查流程對應分為水措階段與許可階段，許可階段核可後會函文通知辦理試車或功能測試。

試車期間最長不超過90日，得展延一次、同樣不超過90日；功能測試要以每日最大廢（污）水產生量80%以上的水量進行，期間至少5個工作天、至少1日檢測，檢測日須於3日前通知核發機關會同。

核發機關核准後，會於14日內通知繳證書費、領證。

審查端在看什麼：30天審查、42天補正與現場勘察

臺南環保局公開的審查流程載明：程序性審查10天、實體性審查20天，總審查天數上限30天，總補正天數上限42天，試車或功能測試期間不計入審查天數。這與《水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法》第42條一致：補正日數不算入審查期間，總補正日數不得超過42日，特定情形經同意得延長30日；未依期限補正者應駁回。

審查員實際在看的是：

• 全廠污染流向示意圖是否畫齊；
• 每日最大廢（污）水產生量與生產規模是否合理；
• 放流口是否設在作業環境外、有累計型水量計測設施與告示牌；
• 排入灌排或私有水體者有無同意文件。

應現場勘察者，機關會到廠核對圖說與現況，現場不符一樣退件。

拿到證之後：定期檢測申報與水污費的兩條時間線

排放許可證不是終點，而是兩條時間線的起點。

第一線是定期檢測申報：

• 依《水污染防治措施及檢測申報管理辦法》第86條，一般事業每6個月申報1次，應設專責單位或甲級專責人員且排放地面水體者每3個月1次；
• 半年報在每年1月底與7月底前，季報在1、4、7、10月底前；
• 檢測時須達核准每日最大量60%以上，申報表與佐證保存5年。

第二線是水污費：每年1月31日前申報繳納前一年下半年、7月31日前申報繳納當年上半年，先繳後報，徵收項目含化學需氧量、懸浮固體、指定重金屬與氨氮，全量納管者免繳。明知不實而申報，依《水污染防治法》第35條是刑事責任，不只是罰鍰。

失敗代價與跨程序連動：無證排放是應令停工，不是限期補辦

《水污染防治法》第45條用的是「應」字：未取得排放許可證或簡易排放許可文件而排放，處新臺幣6萬元以上600萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業，沒有限期改善這一步。放流水超標與繞流排放的罰鍰上限都是2,000萬元。

自115年10月1日起，最近3年內因違法被裁處停工二次以上而遭廢止許可者，3年內不得再申請；有繞流或處理設施功能不足紀錄者，展延效期不得超過3年。跨程序上，臺南環保局綜合規劃科設有工廠登記配合環保法規審查窗口，水污許可沒過，工廠登記就卡住；桶裝、槽車外運未達標廢水者還須同時申請事業廢棄物清理計畫書。

在地窗口與線上申辦：水域及毒物管理科與EMS

臺南的水污業務主辦科室是臺南市政府環境保護局水域及毒物管理科，水質保護股負責河川及海洋污染防治計畫、法規審核與防治費；稽查告發與裁處書則由稽查檢驗科負責。環保局辦公室電話(06)2686751。

線上申辦走環境部的環境保護許可管理資訊系統EMS，以工商憑證或自然人憑證電子簽章提送，並可線上繳納審查費或證書費；新設廠先辦事業管制編號，未登記或臨時登記工廠申請環保許可文件另有專頁入口。

要排入農田灌排渠道者，同意文件窗口是農田水利署嘉南管理處。另留意環保局114年9月18日訂定的認定事業重大違反《水污染防治法》第18條之1規定要點，繞流認定以此為準。

自我檢查清單

• 先確認廢水去向：全量納管、自行放流還是搭排灌排，三條路的文件、期限與費用完全不同
• 設處理設施前就送水措計畫，取得核准文件才動工，不要先建後補
• 排入灌排渠道或私有水體者，提前向農田水利署嘉南管理處或所有人取得同意文件影本
• 畫齊全廠空氣、水、廢棄物、毒化物污染流向示意圖，涉其他環保許可者一併提出
• 放流口設在作業環境外，備妥累計型水量計測設施與告示牌後再排定功能測試
• 把補正總日數42日當成倒數計時，審查意見一次補齊，逾期即駁回
• 領證後在行事曆標記半年報、季報與每年1月31日、7月31日水污費期限，申報表與佐證資料保存5年

常見錯誤

• 以為許可核准前先排放只是補辦——依《水污染防治法》第45條是6萬元至600萬元罰鍰，且主管機關應令全部停工或停業
• 把展延當成期滿前隨時可辦——法定窗口是期滿6個月前起算5個月內，期滿前未申請者許可證自期滿翌日失效
• 納管就以為與環保局無關——臺南已公告委託工業區辦理查證權，且違反下水道法令被要求停止使用仍排放屬情節重大
• 檢測日刻意壓低產量——檢測時未達核准每日最大量60%，數據會以當期實際平均水量認定，甚至被要求重測
• 水污費等被催繳才理——逾期90日仍未繳納處6,000元至30萬元罰鍰，且當期喪失濃度優惠折扣
• 申報數據請人「美化」——明知不實而申報是《水污染防治法》第35條刑事責任，三年以下有期徒刑

官方參考資料

• 水污染防治法（全國法規資料庫）
• 水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法（全國法規資料庫）
• 臺南市政府環境保護局：水污染防治措施計畫及許可審查文件審查流程

常見問題

臺南 排放許可證 要多久

臺南環保局公開的審查流程是程序性審查10天、實體性審查20天，總審查天數上限30天，但補正天數不計入，總補正上限42天，試車或功能測試期間也不算。實務上時程多半耗在補正與功能測試：試車最長90日、得展延一次，功能測試要5個工作天以上。文件一次備齊，才可能貼近30天。

工廠納管工業區污水廠 還要申請水污許可嗎

要。納管是水污染防治措施的一種，全量納管且無地面水體排放者仍須依《水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法》第5條走設立與營運兩階段，營運階段憑聯接使用證明登記。

免繳水污費，且納入公共污水下水道者免辦檢測申報；納入工業區專用系統者則先向系統管理機構申報，由其彙整轉報。臺南並已公告委託工業區辦理查證權。

臺南 水污費 什麼時候繳 沒繳會怎樣

每年兩期：1月31日前申報繳納前一年7至12月，7月31日前申報繳納當年1至6月，採網路填報、先繳後報。逾期未繳要按郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息，逾期90日仍未繳納者處6,000元至30萬元罰鍰；逾期申報繳費當期也喪失濃度優惠折扣。當期費額未達50元或濃度低於限值10%可免繳，但仍要申報。

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